Publicar el dataset de tu tesis en Zenodo: cuándo, cómo y qué riesgos hay en 2026

Una de las preguntas más frecuentes en las fases finales del doctorado es: ¿puedo publicar los datos de mi investigación en Zenodo antes de depositar la tesis? La respuesta es sí, pero con condiciones importantes que dependen de si tus datos son sensibles, qué licencia eliges, si la universidad tiene política de datos, y si la publicación anticipada compromete la originalidad que el tribunal exige. Esta guía responde todas estas dudas con precisión, usando como referencia los estándares actuales de la ciencia abierta, el RGPD y las políticas de las principales universidades españolas.

Publicar el dataset en Zenodo es cada vez más habitual y bien valorado por los tribunales de doctorado: un DOI Zenodo citable dentro de la tesis demuestra compromiso con los principios FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) y con el acceso abierto. Pero hacerlo mal puede exponer datos personales, comprometer una publicación en Q1 o crear problemas de propiedad intelectual con tu universidad.

¿Qué es Zenodo y por qué usarlo para tu tesis?

Zenodo es el repositorio multidisciplinar de datos de investigación del CERN, operado en colaboración con la Comisión Europea y financiado con fondos del programa Horizonte Europa. Es gratuito, permanente, asigna DOI a cada depósito y está avalado por OpenAIRE como repositorio confiable para cumplir con los requisitos de ciencia abierta de proyectos europeos.

Las razones por las que Zenodo es especialmente adecuado para doctorandos españoles:

• Gratuito: cada dataset puede llegar a 50 GB sin coste. Paquetes de hasta 50 GB están incluidos en la cuenta estándar.
• DOI persistente: cada depósito recibe un DOI (Digital Object Identifier) propio, de forma inmediata al publicar. Este DOI puede citarse en artículos, en la propia tesis y en el CV.
• Embargo configurable: puedes subir los datos con embargo de hasta varios años, de forma que el DOI exista (y se pueda citar) pero los datos no sean accesibles hasta la fecha que elijas.
• Reconocido por AEI y Horizonte Europa: es uno de los repositorios aceptados explícitamente en los planes de gestión de datos (DMP) de proyectos europeos y AEI.
• Integración con ORCID: al depositar, puedes vincular el dataset con tu perfil ORCID, lo que lo hace visible en tu red académica.
• Comunidades universitarias: muchas universidades españolas tienen comunidades propias en Zenodo (UPM, UPC, UZ, UDC…), lo que facilita la organización y visibilidad.

Publicar los datos de tu tesis en Zenodo es además una señal positiva para el tribunal: demuestra que tu investigación es reproducible, que confías en la solidez de tus datos y que tienes compromisos claros con la ciencia abierta. En áreas como biomedicina, ciencias del comportamiento, química y ciencias ambientales, cada vez más revistas exigen que los datos subyacentes a las figuras estén disponibles antes de aceptar el manuscrito. Las universidades italianas tienen su propio sistema equivalente al repositorio de Zenodo: el sistema IRIS, que permite a los doctorandos depositar la tesis y los datos de investigación con DOI citable; si tu tesis tiene colaboraciones con ateneos italianos, puedes consultar la guía sobre depositar la tesis en IRIS en las universidades italianas 2026. Revisar el Plan de Gestión de Datos de tu tesis antes de depositar en Zenodo es el primer paso.

¿Cuándo publicar: antes o después del depósito?

La decisión de cuándo publicar el dataset tiene implicaciones distintas según tu situación:

Publicar antes del depósito de la tesis (con embargo)

Es la opción más recomendable si quieres que el DOI aparezca en la tesis y sea citable. El proceso:

1. Subes el dataset a Zenodo con un período de embargo
2. Zenodo te asigna el DOI inmediatamente
3. Citas el DOI en la tesis: “Los datos subyacentes a esta investigación están depositados en Zenodo con DOI 10.5281/zenodo.XXXXXXX, disponibles desde [fecha de fin de embargo]”
4. Al depositar la tesis, los datos aún están bajo embargo si no quieres que sean accesibles antes de la defensa
5. Después de la defensa, puedes levantar el embargo

Publicar antes del depósito (sin embargo)

Si los datos no contienen información sensible y tu director está de acuerdo, puedes publicarlos abiertamente antes del depósito. Ventajas: el tribunal puede verificar los datos antes de la defensa, lo que añade credibilidad. Riesgo: si los datos son “novedosos” y el tribunal considera que la publicación anticipada compromete la originalidad de la tesis, puede haber objeciones (aunque esto es raro para conjuntos de datos, más común para artículos).

Publicar después del depósito pero antes de la defensa

Opción segura si quieres evitar cualquier riesgo de que la publicación anticipada sea percibida negativamente. El DOI se puede añadir en la versión final depositada (si el reglamento de tu universidad permite modificaciones menores antes de la defensa).

Publicar después de la defensa

La opción más conservadora. La desventaja: la tesis no puede citar el DOI porque no existía al escribirla. Puedes añadirlo en el repositorio institucional como nota a pie de página si el sistema lo permite.

Cómo elegir la licencia: CC-BY, CC-BY-NC, CC0

La elección de la licencia es una decisión legal con implicaciones reales. Para datos de investigación, las opciones más habituales son:

Regla práctica: si tu proyecto tiene financiación AEI, MSCA o ERC, la licencia debe ser CC-BY 4.0 o CC0. La CC-BY-NC no cumple con los requisitos de datos abiertos de Horizonte Europa. Si tienes dudas sobre la licencia, consulta con la biblioteca universitaria (REBIUN tiene guías específicas) o con el servicio de investigación de tu universidad.

Datos sensibles, RGPD y anonimización

El Reglamento General de Protección de Datos (RGPD, Reglamento UE 2016/679) clasifica ciertos tipos de datos como especialmente protegidos y prohíbe su publicación sin consentimiento explícito o una base legal adecuada. En el contexto de tesis doctorales, los datos más habituales que plantean problemas RGPD son:

• Datos de encuestas o entrevistas con participantes identificables (nombre, correo, institución…)
• Datos clínicos o de salud (categoría especial de datos, art. 9 RGPD)
• Datos genéticos o biométricos
• Registros de comportamiento en entornos digitales con identificadores (IP, cookies, IDs de usuario)
• Grabaciones de audio o vídeo de personas

Antes de publicar cualquier dataset en Zenodo, debes aplicar medidas de anonimización. Las principales técnicas:

Anonimización directa

• Eliminación de identificadores directos: nombre, apellidos, DNI, correo, teléfono, dirección
• Generalización de datos cuantitativos: en vez de “35 años, Madrid, Barrio Salamanca”, → “30-40 años, comunidad Madrid”
• Agrupamiento de variables altamente específicas

K-anonimización

Una técnica formal que garantiza que cada combinación de quasi-identificadores (edad, género, localidad, profesión…) aparece al menos k veces en el dataset. k=5 se considera el mínimo razonable para datasets de investigación. Herramientas: ARX Anonymization Tool (open-source), sdcMicro (R package).

Pseudonimización

Reemplaza los identificadores directos por códigos que solo el investigador puede asociar a la persona real. La pseudonimización no cuenta como anonimización plena bajo el RGPD: los datos pseudonimizados siguen siendo datos personales. No son aptos para publicación en Zenodo como datos abiertos sin consentimiento explícito.

Si no puedes anonimizar los datos suficientemente para publicarlos abiertamente, usa la opción de acceso restringido en Zenodo: los metadatos son públicos y citables, pero los archivos solo están accesibles a investigadores que te contacten y justifiquen su solicitud. Esto cumple con las exigencias de transparencia de las revistas mientras protege los datos personales. En la tesis puedes citar también el consentimiento RGPD como base legal de la recogida de datos.

Paso a paso: cómo depositar en Zenodo

1. Crea tu cuenta: ve a zenodo.org y registra una cuenta. Puedes hacerlo también con tu cuenta ORCID o GitHub.
2. Prepara los archivos: organiza el dataset en formatos abiertos preferiblemente (CSV, TSV, JSON, XLSX, netCDF…). Incluye obligatoriamente un archivo README.txt o README.md explicando: qué contiene el dataset, cómo fue recogido, qué significa cada variable, qué software es necesario para abrirlo, cómo citar el dataset.
3. Crea un nuevo depósito: en tu dashboard Zenodo, haz click en “New Upload”.
4. Sube los archivos: arrastra los archivos. El límite por depósito es de 50 GB.
5. Completa los metadatos obligatorios:
   • Tipo de recurso: Dataset
   • Título descriptivo y claro
   • Autores con ORCID vinculado
   • Descripción detallada (metodología, período, cobertura geográfica)
   • Palabras clave (mínimo 5, específicas de tu área)
   • Licencia
   • Proyecto financiador (AEI, Horizonte Europa, etc.)
6. Configura el embargo si aplica: en Access > Embargo, establece la fecha hasta la que los archivos son privados.
7. Publica (o guarda como borrador): una vez publicado, el DOI es asignado y permanente. No se puede borrar un depósito publicado en Zenodo; solo se puede crear una nueva versión.
8. Conecta con ORCID: ve a tu perfil ORCID y añade el trabajo manualmente o autoriza a Zenodo para que lo exporte automáticamente.

El DOI Zenodo como cita en la tesis

Una vez publicado el dataset en Zenodo, el DOI puede citarse directamente en el texto de la tesis como una referencia estándar. El formato en APA 7 es:

Apellido, N. (año). Título del dataset [Dataset]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.XXXXXXX

En el cuerpo de la tesis puedes incluir referencias como:

“Los datos brutos de las 347 encuestas aplicadas en este estudio están disponibles para reproducibilidad en Zenodo (García-López, 2026), con DOI 10.5281/zenodo.XXXXXXX.”

Este tipo de cita está cada vez más presente en tesis doctorales españolas que optan por modalidades de tesis por compendio o con un fuerte componente cuantitativo. Algunas revistas Q1 ya exigen que el DOI del dataset aparezca en el artículo como condición de aceptación.

Publicar el dataset también aparece en el checklist final de 38 puntos antes del depósito, que muchos doctorandos usan como guía en las semanas previas a la entrega.

Zenodo vs Dryad: cuál usar en 2026

Dryad es el otro repositorio de datos de investigación más utilizado a nivel internacional. La comparativa:

Regla práctica: si tu tesis es en biomedicina o ecología y publicas en revistas que exigen Dryad (Nature, PLoS, Wiley, British Ecological Society…), usa Dryad para esos datasets. Para el resto, Zenodo es la mejor opción por ser gratuito, europeo y compatible con AEI y Horizonte Europa.

Conectar Zenodo con ORCID y Tesify

La trazabilidad completa del trabajo científico requiere que tu dataset Zenodo aparezca en tu perfil ORCID y sea visible en los sistemas de evaluación de investigación (ANECA, AEI, sexenios).

Vincular Zenodo con ORCID

1. Ve a zenodo.org → Settings → Linked accounts → Connect ORCID
2. Autoriza a Zenodo a exportar tus depósitos a ORCID
3. Los datasets aparecerán en tu perfil ORCID como “Works” de tipo “Dataset”

Citar Zenodo en tu perfil Scopus y WoS

Los datasets publicados en Zenodo con DOI son indexados por DataCite y reconocidos por Scopus y Web of Science (WoS) como tipos de publicación válidos desde 2022. Sin embargo, la indexación no es automática ni inmediata. Para maximizar la visibilidad:

• Asegúrate de que los metadatos de Zenodo incluyen tu ORCID y el DOI del artículo o tesis asociados
• Añade manualmente el dataset a tu perfil Scopus si no aparece automáticamente

Conectar estos perfiles es parte de la guía de vinculación de ORCID con Scopus y WoS que describe el proceso completo en 30 minutos.

Checklist RGPD para publicar datos de investigación en Zenodo

Usa esta lista antes de pulsar “Publicar” en Zenodo:

• Los datos no contienen nombres, correos, teléfonos, DNI ni otra información identificativa directa
• Las variables cuantitativas han sido generalizadas donde sea necesario (rangos de edad, municipio en vez de dirección)
• Se ha aplicado k-anonimización con k≥5 si el dataset permite re-identificación por combinación de variables
• Si los datos incluyen imágenes de personas, han sido pixeladas o eliminadas, o hay consentimiento explícito de difusión
• El protocolo del CEI que aprobó la investigación autoriza la publicación en repositorio abierto
• El consentimiento informado firmado por los participantes incluía una cláusula de publicación de datos anonimizados
• Los datos genéticos o de salud han sido tratados como categoría especial (art. 9 RGPD) o eliminados del dataset público
• Se ha revisado la política de datos de investigación de tu universidad
• Tu director ha revisado y aprobado la publicación del dataset
• Has elegido la licencia correcta (CC0 o CC-BY si tienes financiación AEI/EU; acceso restringido si hay datos sensibles residuales)

El dataset también puede declararse en el checklist de preregistro y publicación previa de 28 puntos que muchos doctorandos completan en las 4 semanas previas a la defensa.

Preguntas frecuentes sobre publicar datasets en Zenodo

{
“@context”: “https://schema.org”,
“@type”: “FAQPage”,
“mainEntity”: [
{
“@type”: “Question”,
“name”: “¿Puedo publicar en Zenodo si mis datos están bajo un acuerdo de confidencialidad con una empresa?”,
“acceptedAnswer”: {
“@type”: “Answer”,
“text”: “No, si el acuerdo de confidencialidad prohíbe la divulgación de los datos. En estos casos puedes publicar los metadatos y una descripción metodológica en acceso restringido sin incluir los datos propietarios, o negociar con la empresa una versión anonimizada que sí pueda publicarse.”
}
},
{
“@type”: “Question”,
“name”: “¿Zenodo garantiza la permanencia del depósito indefinidamente?”,
“acceptedAnswer”: {
“@type”: “Answer”,
“text”: “El CERN opera Zenodo y ha declarado preservación durante al menos 20 años. Para máxima seguridad, es recomendable hacer una copia adicional en el repositorio institucional de tu universidad, que tiene políticas de preservación reconocidas por REBIUN.”
}
},
{
“@type”: “Question”,
“name”: “¿Cuánto tarda en aparecer el DOI de Zenodo en Google Scholar?”,
“acceptedAnswer”: {
“@type”: “Answer”,
“text”: “Normalmente entre 2 y 6 semanas después de la publicación en Zenodo. Puedes añadirlo manualmente a tu perfil de Google Scholar desde ‘Mi perfil’ → ‘Agregar artículo’ si necesitas que sea visible antes.”
}
},
{
“@type”: “Question”,
“name”: “¿Quién es el titular de los datos: el doctorando o la universidad?”,
“acceptedAnswer”: {
“@type”: “Answer”,
“text”: “La titularidad varía según la universidad y el tipo de proyecto. En proyectos con fondos AEI u Horizonte Europa, la titularidad suele ser de la institución receptora. Consulta con el servicio de investigación de tu universidad antes de publicar en Zenodo para clarificar quién firma como titular.”
}
},
{
“@type”: “Question”,
“name”: “¿Puedo actualizar o corregir un dataset ya publicado en Zenodo?”,
“acceptedAnswer”: {
“@type”: “Answer”,
“text”: “Sí. Zenodo permite crear nuevas versiones de un depósito. Cada versión tiene su propio DOI específico, pero existe también un DOI conceptual que siempre apunta a la última versión. Cuando corriges errores, crea una versión nueva e indica qué cambió.”
}
}
]
}